mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGCCCTTACCCCAAAAAGCAT CTTTTTGCGGTCTGGGCTTGC TGGATCTGGACCGATAGATTGTCCGTCACGAATCTTTTTGCGGTCTGGGCTTGCTGTTCATAAATATCAGTCTGGGAAGCCCTTACCCCAAAAAGCATTTGTGGAGGACTCAGTCGCCGAATTGAATG GGGGGATTACGGATAAGAGGATGTACTTACACACACCGCGATTGTTGCTGGTTTAGAACTAAACACATTGTTTTCTGTAGCTTAACGTCAATTTATATGGTTAGACGAATGTGGTTACAATGTCGGATTCCCCATGCAACAACCTTGCGCGCAAAGATAGATTGTGAGTGTTGTACCAATTGCTGAACAGATGCACTTTGTGTGGATGAGAGACAGTAGAAGACTCTTTTTACGGCAGTAGTTCGTGGAGTGATGTGGATCTGGACCGATAGATTGTCCGTCACGAATCTTTTTGCGGTCTGGGCTTGCTGTTCATAAATATCAGTCTGGGAAGCCCTTACCCCAAAAAGCATTTGTGGAGGACTCAGTCGCCGAATTGAATGTATTGTATTTATTGACGAGTGATATTATTATTGTCATATTATTGCGGATGTTAATTGTTGTTGTTGTCGTCAAATATCTCCCGACTCGGGGAGTCAAAAATCTGCATGCATTGTTGTGATTCCATGAGCATGTGTGGTGTAGGCCTACAGTTCAGGACAATAGGAAATACACCTGTTAGTCCTTTTTAGAGGACGGACACACACACATACACACACACACGAGTTGGATAACTTTCCTATCAATGTGGAAGCTCATCTTGAACTTTCTATATAAAATGTATAAAGACTGAACTGTGTGTGTTTGGAAAATCACAGATTACAG 3 1 3' arm Salmo_salar mirnest mir-129 9e-27 fru-mir-129-1 8e-24 -40.1 ..(((.(((...(((.((..((((.(((((((((((((((.(((..((((((.((..................)).))))))..))).))))))).)))))))).)))))).))).))).)))..... (-40.1)