mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTTTTGCGGTCTGGGCTTGC AAGCCCTTACCCCAAAAAGCA GAGTGATGTGGATCTGGACCGATAGATTGTCCGTCACGAATCTTTTTGCGGTCTGGGCTTGCTGTTCATAAATATCAGTCTGGGAAGCCCTTACCCCAAAAAGCATTTGTGGAGGACTCAGTCGCCGAATTGAATGTATTGTA GGGGGATTACGGATAAGAGGATGTACTTACACACACCGCGATTGTTGCTGGTTTAGAACTAAACACATTGTTTTCTGTAGCTTAACGTCAATTTATATGGTTAGACGAATGTGGTTACAATGTCGGATTCCCCATGCAACAACCTTGCGCGCAAAGATAGATTGTGAGTGTTGTACCAATTGCTGAACAGATGCACTTTGTGTGGATGAGAGACAGTAGAAGACTCTTTTTACGGCAGTAGTTCGTGGAGTGATGTGGATCTGGACCGATAGATTGTCCGTCACGAATCTTTTTGCGGTCTGGGCTTGCTGTTCATAAATATCAGTCTGGGAAGCCCTTACCCCAAAAAGCATTTGTGGAGGACTCAGTCGCCGAATTGAATGTATTGTATTTATTGACGAGTGATATTATTATTGTCATATTATTGCGGATGTTAATTGTTGTTGTTGTCGTCAAATATCTCCCGACTCGGGGAGTCAAAAATCTGCATGCATTGTTGTGATTCCATGAGCATGTGTGGTGTAGGCCTACAGTTCAGGACAATAGGAAATACACCTGTTAGTCCTTTTTAGAGGACGGACACACACACATACACACACACACGAGTTGGATAACTTTCCTATCAATGTGGAAGCTCATCTTGAACTTTCTATATAAAATGTATAAAGACTGAACTGTGTGTGTTTGGAAAATCACAGATTACAG 4 0 5' arm Salmo_salar mirnest mir-129 1e-26 fru-mir-129-1 9e-24 -40.1 ..........(((.(((...(((.((..((((.(((((((((((((((.(((..((((((.((..................)).))))))..))).))))))).)))))))).)))))).))).))).)))............ (-40.1)