mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGCCCTTACCCCAAAAAGCA TTTTTGCGGTCTGGGCTTGC GTGATGTGGATCTGGACCGATAGATTGTCCGTCACGAATCTTTTTGCGGTCTGGGCTTGCTGTTCATAAATATCAGTCTGGGAAGCCCTTACCCCAAAAAGCATTTGTGGAGGACTCAGTCGCCGAATTGAATGTATTGT GGGGGATTACGGATAAGAGGATGTACTTACACACACCGCGATTGTTGCTGGTTTAGAACTAAACACATTGTTTTCTGTAGCTTAACGTCAATTTATATGGTTAGACGAATGTGGTTACAATGTCGGATTCCCCATGCAACAACCTTGCGCGCAAAGATAGATTGTGAGTGTTGTACCAATTGCTGAACAGATGCACTTTGTGTGGATGAGAGACAGTAGAAGACTCTTTTTACGGCAGTAGTTCGTGGAGTGATGTGGATCTGGACCGATAGATTGTCCGTCACGAATCTTTTTGCGGTCTGGGCTTGCTGTTCATAAATATCAGTCTGGGAAGCCCTTACCCCAAAAAGCATTTGTGGAGGACTCAGTCGCCGAATTGAATGTATTGTATTTATTGACGAGTGATATTATTATTGTCATATTATTGCGGATGTTAATTGTTGTTGTTGTCGTCAAATATCTCCCGACTCGGGGAGTCAAAAATCTGCATGCATTGTTGTGATTCCATGAGCATGTGTGGTGTAGGCCTACAGTTCAGGACAATAGGAAATACACCTGTTAGTCCTTTTTAGAGGACGGACACACACACATACACACACACACGAGTTGGATAACTTTCCTATCAATGTGGAAGCTCATCTTGAACTTTCTATATAAAATGTATAAAGACTGAACTGTGTGTGTTTGGAAAATCACAGATTACAG 4 0 3' arm Salmo_salar mirnest mir-129 1e-26 fru-mir-129-1 9e-24 -40.1 ........(((.(((...(((.((..((((.(((((((((((((((.(((..((((((.((..................)).))))))..))).))))))).)))))))).)))))).))).))).)))........... (-40.1)