mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGGACCTTTAGTCCCGGTTT ACCGGGACTAAAGGCTATTTCG GCGCCTGGGCGAAGGACCTTTAGTCCCGGTTTGTGTCCCCAACCGGGACTAAAGGCTATTTCGTTAATTTT TTGGCAACAGCCATTAATACTGGTTGTGCAACCGGGACTAAAGGGTCGCGACTAAATCCCGTGGGCGGCTAGCGTGCGCCTGGGCGAAGGACCTTTAGTCCCGGTTTGTGTCCCCAACCGGGACTAAAGGCTATTTCGTTAATTTTTTTTTAATTCATTTGGGTTTCTAATTTTTTTTCACTCCGTTTTTTTTTCTATTTTTTTTCAGAATTTCTATTATTTCAGTTATTTGCATAGCTTAGTCTCTATCTCTAACTACACTTATCTCTAGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAAAAAAAAA 3 1 5' arm Festuca_pratensis mirnest 100 tae-MIR1117 0.00001 -30.9 .......(((((((..(((((((((((((((.........)))))))))))))))...)))))))...... (-30.9)