mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCCCGTTAATACAGAATCCT GATTCTGTATAACGGTTGACG ATACAATAGAAGGATTCTGTATAACGGTTGACGTGAGTATATTTTTTCTTTAAAGATATCTTTGCATTTCATATGAGATTTACAATAGTTATTGGTAATATAAATCTCGCATGAAATTTAAATTTATATTTTAAAGTTAGGATAACGTCATGTCCCCGTTAATACAGAATCCTTTCCATTAT TCACCTTCTCTTTGCAGCAAAACTTTCACCAACTTTCGCTTCACATGCTTTCAGATTCCTTCGCTAAGCACGTCTCTCACCCCTTTTATCCATTCTCAACCGTTTCACCTCTCTCTTTCTCTCTCTATATCGCAATCAAGTTCAGATCTCAGATCTATTTCACAACTCTTCGATCTTGTTTCGGATCTACTTGTTAATTAGTTTAAATGCTTGTGAGTTCTTGATCAGTTATTCAATGCTCGTGATGTGTCGCGTTCGTTCCTCGTCGGAGCTGTGCTTTGCTTCGTGGACGAAGCTTGTGGCTCCGAACACTGTGATTCCTTTGATTAGATACAATAGAAGGATTCTGTATAACGGTTGACGTGAGTATATTTTTTCTTTAAAGATATCTTTGCATTTCATATGAGATTTACAATAGTTATTGGTAATATAAATCTCGCATGAAATTTAAATTTATATTTTAAAGTTAGGATAACGTCATGTCCCCGTTAATACAGAATCCTTTCCATTATATT 1 2 3' arm Arachis_duranensis mirnest 100 ahy-MIR3514 6e-50 -54.2 ........(((((((((((((((((((..(((((((((.((((((..(((((((((((..((((.(((((((.(((((((((..................))))))))).))))))).))))..))).))))))))..)))))))).))))))).))))).))))))))))))))....... (-54.2)