mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAACTTGAATGGAGTTCCGC GGAACTCCGCGTGGTCCATA GGTGGAACTCCGCGTGGTCCATAGCCAAGATCGGCAGAGATGGTGAGCTTCNACTTCTCACCAACTGACATCTGGGCGACTCCTTGGTCCCATCCCTTGATGACCTCTCCCTTTCCAATCTTGAACTTGAATGGAGTTCCGC GAAANAAAACTTGGAATCATTAAAAAAAATTGATATCATTTATGGANAGGTTGCACACGGNANNTGCTANAACGGAGCTGCAAACGGANACGGGCANCTTAGTTGACTCCGAGAAGCTCGACCTCGAAGACGAGAGTTGCGTTGGCTGGGATTTGTGGTGGAACTCCGCGTGGTCCATAGCCAAGATCGGCAGAGATGGTGAGCTTCNACTTCTCACCAACTGACATCTGGGCGACTCCTTGGTCCCATCCCTTGATGACCTCTCCCTTTCCAATCTTGAACTTGAATGGAGTTCCGCG 4 1 3' arm Caenorhabditis_elegans mirnest 100 100 -40.2 .(((((((((((...(((.((.......((..((.((((.(((((((.........))))))).....((((.(((.((((....))))....)))..))))..)))).))..))......)).)))....))))))))))) (-40.2)