mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAGAGATGGCTCAGTGGTT TTACTGACTATTTCTCCAAC TTAATAAATCTGTTAAATATATCATACTACCATTACTGACTATTTCTCCAACAGCTCTAAAATACCAGTAACTAACAGCATTTACATTGTACTGGGCATTTTAAGGAAGCCACAGTTGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCC GCTTGGACCGAGCTCGGATCCACTAGTCCAGTGTGGTGGAATTCGGCACGAGGCCCAAAAAACCCACACAAACTAAAAGTTGTTTTCTAAAGTTCTTTCATCTTTTTGTATCATGGATTGCAAATTATCAGGTATTTTTAGCAACTCTTTACTCTTTAGCAACATTTAGTTTGTGTGGGTTTTTTGGGGGGTAAGGTGGGGAAGGGGGGAGAGGCACATAGCATGTGGGTTCCAGGGATTAAATTCTGGTCATTAGGTTGACAGCAGGTACCTTTACCCCATTGAGCCATCTTGCTAGCCCAGATTACTATATTTCTTCCATCCATAATATTCTTCTCGATTTTTTTACTTTGGTCCTTTATCTATCTAGAAGTTATTTTTTTTGAATGTCATAAGACAGAAGGTAGAATTTTAAATCTTTTTCTTTTAATAAATCTGTTAAATATATCATACTACCATTACTGACTATTTCTCCAACAGCTCTAAAATACCAGTAACTAACAGCATTTACATTGTACTGGGCATTTTAAGGAAGCCACAGTTGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTTAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATGTGGTAATTGGATCTGATGCCCT 1 1 3' arm Canis_lupus_familiaris mirnest U4 2e-19 mmu-mir-3473d 0.000008 -43.6 ((((((....))))))...............(((((((((((((((((((.(((((.((((((.((((((...................))))))..)))))).((...))..))))).))))))))))).)))))))).(((((((.....))))))).......... (-43.6)