mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGTCCCCTTCAACCAGCT CTGGTAAAATGGAACCAAATC AGCACTGCAATGCTTTGCTAGAGCTGGTAAAATGGAACCAAATCGCCTCTTCAATGGATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAGCTATGCATTGATTACT GCGTTTGTGACACAAATGTTAACATGCACAGACTTCTACTCTGTTCAAGTGGGAAATAGTAGGAAAAGTGTCTCAAAATAGAAAAGTTTATATGTAATGACTAAAGAGTACTGTCTCTAATATTTGTAGAAAGTCCATAACCATAACTGTACAAATAAAGAGCATTTCAATTCTTTTGTATCCCAAACTAGCAGCACTGCAATGCTTTGCTAGAGCTGGTAAAATGGAACCAAATCGCCTCTTCAATGGATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAGCTATGCATTGATTACTACAGGACAGCCAACGTTTCCATTTATGAATTTCATCACATGTTGACTAATTTCAGCTTATTTAAATTATTCAGGCTGTGGTTTAAATCAAATAATTTGTTACTGTTAATTCTCCTTGGGAGAACCATAGTGGTTAACAATGTTTATAAAAGGTTTTATGAAAAATGTGTAGATGACTTAAGGATTGCAAATAAAATATTTTTACTT 4 0 3' arm Canis_lupus_familiaris mirnest mir-133 3e-26 cfa-mir-133a 3e-44 -35.4 .......((((((...((((.(((((((..((.((.((((((((............)))))))).)).))..))))))).))))...))))))...... (-35.4)