mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTA GAGCTCCTTGAAGTCCAATAG GTTTTAGCTAGGGTTATGGAGTGGAGCTCCTTGAAGTCCAATAGAAGATGTTGCTAGGTTGATTGAGCTGCTGAGCTATGAATTCCACACTTCTATCTCTGTTTTTTGATAAAGATGATAGGCTTGTGGCTTGCATACCTCAGGAGCTGCATTACCTGAGTTGCATCATGTTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACACCTTGGCTTATCTGTCTC ATATAATATTGTTCTCTTCTACAGTATGGTTGAATGGTAGCTAGGTTTTACCCTAGTTTATGTAGCTCTTTAGCTCTGGTTCTTTCTCTAGGGTTTTGGTGGAAAACCCAGGTTGGGTTTGAAAGCTTTCATCAAGGGTTTGATCTGTTTCACTCTCTCTCTCTTGATCTGTTTCGATGTTGTGAATAACTGGTGTTAGGGTTTTAGCTAGGGTTATGGAGTGGAGCTCCTTGAAGTCCAATAGAAGATGTTGCTAGGTTGATTGAGCTGCTGAGCTATGAATTCCACACTTCTATCTCTGTTTTTTGATAAAGATGATAGGCTTGTGGCTTGCATACCTCAGGAGCTGCATTACCTGAGTTGCATCATGTTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACACCTTGGCTTATCTGTCTCTTAACTAGATCTACTTATCTCTCTAGCTAGTAGTATTTCAGTTTCAGCATATCTATCAAGCTTTCTAGCTACTCTGAATCTTTTAGCTCCGTTTGTGAACCATGCGTTTCTATAAATCCTTGTTCTGTATTTCATCTATCTTATCGTGTTTGTTACATGTATGATGCTTTTGCTTTGCTTGGTTTGCAGATCTAGGTCAACCTTCCCTTCTCTTTGTCAATATGATCTCCCTGTGTTCATGCACATATGAAGTATATGGGGATTGAAGATCTTCAACTAATATCAGATCTCTAGGGTAGTCTGGATGAATCAAAATCTGTGGTGGTTTCAGATCTTTTGCATAGAGATAGCTATCTTTACTCTAGATCAGACTTGTAGATTTTAAATCGAGTTGATACCTACACGAACCTTTGCTTTGTG 3 0 3' arm Fragaria_vesca mirnest MIR159 6e-17 ptc-MIR159b 1e-20 -76.4 .....(((((((((......((((((((((((..(((((((.....(((((.(((((((....((((((.(((((.((((....(((((..(((((((((............))).))))))..)))))....)))).))))).)))).))..)))).))).))))).....)))))))..))))))))))))))))))))).......... (-76.4)