mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTGTGCGGAAATGCTTCTGC GGAAACATTGCTGCACAAAC AGAGTACTCTATGAATCTAGTGGAAACATTGCTGCACAAACTAGATTATGGATACCAGTGTGCGGAAATGCTTCTGCTACATTTTTAGGGCTTGA GCTTGGTACGAGCTCGGATCCACTAGTCCAGTGTGGTGGAATTCGGCACGAGGGTGGCCCGGCGCCGCCTCCCAGGTGAGCCGCCTCCCAGGTGAGCCGCCTCCCAGTCCTAGATTTGGCTTTCTGCGCTGAGGCCATCATGAACTTTTTCCAACTCCTGATGAAAAAGAAGGAACTTATTCCTTTGGTGCTGTTCATGGCCACAGCGGCGGGCGGAGCTTCGTCTTTTGCTGTATATTCCCTTCAAAAATCTGATGTGATCCTTGATCGGAAAAGAAATCCAGAACCTTGGGAAACCGTGGACCCTAGTGTACCTAGCAAGCTTATAACAATCAACCAAGAATGGAAGCCCATTGAAGAGTTGCAGAAGGTCCGAAGAGCCACTAAATGACCAGTTCTTGCTTCTTTCTTTCAAAGAGTACTCTATGAATCTAGTGGAAACATTGCTGCACAAACTAGATTATGGATACCAGTGTGCGGAAATGCTTCTGCTACATTTTTAGGGCTTGACTACATTTTCGGACTCGGGATAGGAATTATGAAGGTAGTATAGCAATGACCAGATAGTTCAAAAATAATTTTGTGTTTATTTTCTTGTTGTAAATTTAATTTTGCATATTGAAATTTTAATGTTTATGATGCCCAAATGGTTTCCTTAAAGTGTATAGAGATTTATAAACTGAATTGTCTATAATAAAATACTATTTGTG 3 0 3' arm Canis_lupus_familiaris mirnest mir-147 6e-21 cfa-mir-147 1e-43 -29 .((((..((((.((((.((((((((.((((.(((((((..(((.....))).......))))))).)))).)))))))).)))).)))))))).. (-29)