mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACACTCTCTCCATTTCTCTAC GGGGTGTGTAGGAGGAGGTGGCC AGTTTTGGTCGGATGTTGCGGTGGGGTGTGTAGGAGGAGGTGGCCTTGGGGGTTGACGAGGGAGCGATTGGACCACCTTGCAGTTTCATGGCACACTCTCTCCATTTCTCTACCGTTCATGCAGCGGTTGAT GTGGGTAACACGGGATCGGAGTAGTTGGGGCTGGGCGCAGTAGTAGGTAGGGAGAGCAGTCTCAGGGGCGTCCGAGCATGGAGATTCGGGACCATCGCGTCATGTGGGGTTGGCAGGGAAACGAATGATGCCGTTGAAGCTACCCGCTAGCTGCTTCTGGAATCAGCACACTGCTTCGAGACGACCTCGCTGTAGTCTGTAGCCGCGGCTGCTTTTCCTTCCTGGATTTGGCAAATGCCCTTTCACCTACTGCAACGCGCGACAGCCAATTGGAAAACAATGTGATTTTCTGGGAAGGCCGGCCGGTGGTGGAGGCCGTGAGTACTTAAGTGCCCAGCGATGGTGCTCTAATGTATCGTTTAGTTTTGGTCGGATGTTGCGGTGGGGTGTGTAGGAGGAGGTGGCCTTGGGGGTTGACGAGGGAGCGATTGGACCACCTTGCAGTTTCATGGCACACTCTCTCCATTTCTCTACCGTTCATGCAGCGGTTGATCGATTGGGTTGCTGGTTGATTGATCGATCGATGGTC 4 2 3' arm Physcomitrella_patens mirnest MIR1023 7.0E-34 ppt-MIR1023a 9.0E-36 -42.6 .......(((((.(((.(((((((((...((.(((((.(((((((...(((((((.(((((..............))))))))))))..))).)))).)))))))..)))))))))....)))....))))) (-42.6)