mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGTCTTCCTCTTCCTCTTCCT GGGGAAAGGGGGAAGTGTCT ACTCACCATGCCGTCTTCCTCTTCCTCTTCCTCTTCTTCTTCTTGCTGCTGCTAATCCCCTCTCCTACGANAATCCCGAGAGATTTTTGCCGTCATTCCTTCGGGTTTCGAAGGTGGGAAGACCCCTCCCTGGGATTCAATCTTGAGGTTTCGAGATCAAGGTGGGGGAAAGGGGGAAGTGTCTTGATTTGA GTTTTGTATTTGGGAGCAGCATTTGGCGCGATTCGCCGCATTCTGCACTCACCATGCCGTCTTCCTCTTCCTCTTCCTCTTCTTCTTCTTGCTGCTGCTAATCCCCTCTCCTACGANAATCCCGAGAGATTTTTGCCGTCATTCCTTCGGGTTTCGAAGGTGGGAAGACCCCTCCCTGGGATTCAATCTTGAGGTTTCGAGATCAAGGTGGGGGAAAGGGGGAAGTGTCTTGATTTGATCAAAGTGGGGCTGCAGAGGTGGTGGTGGTGAAAGGGATTTTTACTTGGTGCAAGGTGTCATCCTCCGTCGTCAGTCGTATTGGTTGCTGTCTCAAAGAAGTTTTGTTGTCTGTATTGTATTGTTAAGAATTTTCANGAAGTCGGCTGCGANGTCTTGTCGCGACTGGGACCCCCCACTACGCGTCATCCAGCCTTTTTATTTGCTTGCCTANCAAGCTTCCACTGTGTTTTANAGCGGCACCTCCATTCCGTTCTCGAGATTTCAGTATATTGGAATTCTAAGCTGTAACCAAGCGAAGCGCCCTCGGTGTGTGCATGTGGAAC 5 1 5' arm Physcomitrella_patens mirnest 100 100 -48.9 ......((.((...(((((((((..((((((...((((..(((((..(((...((((((....(((.(((..(.((((((.((.............)).))))))).))).))).((((.......)))).)))))).........)))..)))))..)))).)))))).))))))))).))..))...... (-48.9)