mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCCTCACGTGGTGTTTGCAGC TTGCAAACACCCGTATGGGACG GGTTGTTGTCGTCCCTCACGTGGTGTTTGCAGCTAGGATGTCGGGAGGGGTCGATGTGTTGTGGAATGTTCCGCTCCTTGAAATTTGAGTGACCCTTACCGTCTGCCAGTGAGGCCGCTTGCAAACACCCGTATGGGACGACGAAGCT GTTTTGCTGCCCTTAAGCGCCCTTCATTATCGCCGTATCAGTATCGTCCCGCTGCGTCGGGAGTGTGGGTTCTATTCTCGCAATCCTCCACTGTCGGCGTGCCCAAGCTAGTGTCTCAACTTTCTGTGATGTGTGTGGAACTGTAGAGAGGTTTTTCGTGGCCGAAACGACAGGGAGAGAGAGAGAGCGAGAGAGAGTGACTGTGGAGGTGATTTGAGTCGGTTTGAAGTGCGTTGTGGAAGGAGAGGGAGAAGCGAAAGAAGGGGAGGGAGCGAGGGGACTTGGGGGACTTTGTTTTGGGAATGATTGTGAAGACCAAGGCTGGCACGGATGCACACGAGTTCGCTTTGCACGGGGTTGTTGTCGTCCCTCACGTGGTGTTTGCAGCTAGGATGTCGGGAGGGGTCGATGTGTTGTGGAATGTTCCGCTCCTTGAAATTTGAGTGACCCTTACCGTCTGCCAGTGAGGCCGCTTGCAAACACCCGTATGGGACGACGAAGCTCTGGTGTTGCTCAACATCACTAGGTTTCTGGACGACGCTCTGTGCTCTCTCTCTTCAGGTTACTGGTTGCTCGGA 2 2 5' arm Physcomitrella_patens mirnest 100 ppt-MIR1062 2e-80 -59.7 ((((.((((((((((..(((.((((((((((((..(((...(((.((((((((...((..(((((....)))))....)).........)))))))).))))))(((.....))).)).)))))))))))))..)))))))))))))) (-59.7)