mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACAGTCTCTGACTTCTCGCAG GCGGGAAATCAGAGACAGTCG GTACTGATTCCGAAGGAGAAGACAGTCTCTGACTTCTCGCAGAGTGAGCCTGTTTCTGCAGTACTGGAACGATTGGTTGAGACCACTGGCACTAGGCAAAAACCTTGTTTCTGGTGACTTGGTCTGGGATCGTACAGAGCTGCAGAACGCTTGACATGCGGGAAATCAGAGACAGTCGCTTCCTTTGGTTTCTAAT CTGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTGNCTCATCTCTGCCANGTGTTCCTCCGNCTCCCNCTTCGTCACACCNNCTCGCTGCTTCTATTCCNGTTTCTGGCNCTTGGTCCANNCGATTCCTGCGTCCTGCACACCANGGCACCGNNGTAGTGAGTGCNNGCGTTGGGAGCCTAATTAACAGACCNGATTAGTNCTCCGAAGTAGNAGGATAGCATGTACCNCTTGTGTGTCGATCNCTCTGTAAGAGGTTGGAGGTGTCCTGGATGGGAGAGGAGGGAGGGAGAGAAAGAGAAAAAAAGAACCTGTCCTGTGAGCATGGTGGACTTTCTACGCAGGTCTGTGGTTGCGATGCGGATTTCGTGATCAAGTCTGCTGCTCACGGTGCTCGGTTCATGATGACCTGTAGATCCATTGTACTGATTCCGAAGGAGAAGACAGTCTCTGACTTCTCGCAGAGTGAGCCTGTTTCTGCAGTACTGGAACGATTGGTTGAGACCACTGGCACTAGGCAAAAACCTTGTTTCTGGTGACTTGGTCTGGGATCGTACAGAGCTGCAGAACGCTTGACATGCGGGAAATCAGAGACAGTCGCTTCCTTTGGTTTCTAATTGTCACCATCAGGCTACGAAGTAACTCGATCAGCTGGTATTCGGAGCTTGACAACCAATTGAAATTATTGTAAGACACGGATGGTGATGGCTTTTTCTGGTTGGCTCTCGCCGTGATGCACAAACTGCAGAGTTGTTGAACTCTGGANTTGTTGAACACCTCGCCCCTGAGATTAGATTTGAGTTAGTAGTCAGAATGCTGGGTAATTTTGCATTGCTCGCTGTCAGACAGGAAGTCCACACACAGATTGTATCC 3 0 5' arm Physcomitrella_patens mirnest 100 ppt-MIR1065 6e-109 -85 .....((..(((((((((..(((.((((((((.((((((((...(((((....(((((((((.(((..((((((...(.((((((..((((((((((((.....))))..)))))).)))))))).))))))).))).))))))))).)))))...)))))))).)))))))).)))..)))))))))..)).... (-85)