mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGCGGGCAGCAGGACCCACA GGGCTAGCTCCCGTAGTG CCCCGGTCTCCTCGGGCTAGCTCCCGTAGTGGCTCCTGTGGTAGCCCCTGTGGTGGCTCCAGTGGTAGCGCCGGTCGCTGCAACTCCGACAGCTACTCCCACAATTGCACCCACAACTCCGGCTCCCGGCTTCAACTCCAGTGACGGGCCCCTGCGGGCAGCAGGACCCACAGGCATGGAAC AATTTTCAGAACTTCCGTTGCTGGTTGCAGGGAAGCGCGTTGCGTGTGAGCTCCTTCAGCTCAGCTGCTGCAAACATGGCCGCAGTTAGGGGCACGAGGAAGGCTTTAGCAGCTCTGGTGGTCATGTTTGTGATGTGCACCGCTGCAGCTAGCGCCCAAACCGATTGCAGCACGCAGTTCAATGACTTGGCTTCGTGTTTCGATTTCGTGAACAGCAACATTACCACTGCGCCTTCAGCGCCGTGCTGCTCTGCTTTCAAAACAACTCAGGCTCAGTTTCCCGTTTGCCTTTGCCAGCTGCAACAAGCATTCAATGATCCCGCCACCGCCCCCGGGAACGTCACGCGAGCAAACCAGATTCCTGCTCTGTGTGCTGTTGCAGTGGACCCTAGCAGGTGCCCCGGTCTCCTCGGGCTAGCTCCCGTAGTGGCTCCTGTGGTAGCCCCTGTGGTGGCTCCAGTGGTAGCGCCGGTCGCTGCAACTCCGACAGCTACTCCCACAATTGCACCCACAACTCCGGCTCCCGGCTTCAACTCCAGTGACGGGCCCCTGCGGGCAGCAGGACCCACAGGCATGGAACGT 3 2 3' arm Physcomitrella_patens mirnest 100 100 -59.8 ..(((....(((.(((((.((((((((((.(((((.(((((..((...((((((((((..(((.((((((.....)))))).))).....)))))...)))))...))..)))))...((((...))))..(((.......))).))))).))))))).))).)).)))..)))..)))... (-59.8)