mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACGGGTCGTGATGGGCACT TGCTCAACACGATCTGTCAAC GGAGATGATGGGATGTTGGGCATGCTCAACACGATCTGTCAACATTCTAGAGTATATTGACGGGTCGTGATGGGCACTCTCAATGTCCACTTCATGG ATGACATGGTTAAACCCATACCTCTCCAGCTGGAGACCGTGTGTGCGAATCGCATCACTGGTGGCCTATTGCTTGCTGAATTGTCATTGATGTGATTCCGCTACATTTTGAGGTGCTGAGATTGAGACATAACGCGCTTTCGGCTTCTCTTTTCAATACTTCGCATGCTTTCCTGTTTTGAGTTTGGCGAAGAGATAGCACATCTCCTGTAGAGTTGCTCTGCTGGGGATGATTATTATGTTTTTTCAAATCTTGAGAGGAACCATTGCACCCGCGTTGTAATCTTGTACTAAACGCTCTGCATTACGTTTGAGAGTGAAGATTAGGAAGGATTTATTAACCATAGCATCCCCACATGGAGATCACGATTTAAAGCCCGAAAGGCCTGGAGCTAACATGAAGAGGCAGTGACCAAGATGGAGATGATGGGATGTTGGGCATGCTCAACACGATCTGTCAACATTCTAGAGTATATTGACGGGTCGTGATGGGCACTCTCAATGTCCACTTCATGGTTTTGTGACGTGACCCAGCTTGTGAAATTGATGACGATGGAGGCCTTCTCCAGCATTAACCTCCATCTTCCGGTGCAACTACCCAGAGTCGGTAATTCTTGGCCTTGCTTGTGAAGTCTTGCATCCATGTGAACTCTGTGACAAGTTGCAGGTAGCCCTAAGCGTTACCGATGCGGAACTACTTTACTAAGTTCATCACCCTGTTGAGGGTCTTACTTACNAGTTAGCTTGTGAAGGCTAATCAACACAACTGACTGGNTGAGAAGGGTGGAATAAGACGGGTTTAGGGATTTTGCATTTTCGTCAAAAACATAGAGGATGTCCTCCTTTTCATGGTTTTTCATT 3 0 3' arm Physcomitrella_patens mirnest 100 ppt-MIR1033b 3e-50 -42 ....((((..((((((((((..((((((.(((((((((((((.((........)).))))))))))))).))))))..))))))))))...)))).. (-42)