mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCGGACCAGGCTTCATTCCC GAATGACGTGTGGCCCGAAGC TATGTGACATTGCCGTGAGGAATGACGTGTGGCCCGAAGCCATATCTTGGGTTGCCTTGATGAAGCTCCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCGGCAGAGTTGCAACAAGT TATGTGACATTGCCGTGAGGAATGACGTGTGGCCCGAAGCCATATCTTGGGTTGCCTTGATGAAGCTCCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCGGCAGAGTTGCAACAAGTGGGAAAGGGCTGTCCTTTAAGTTGTGCAATATCCTGGTACCTCACGGTCAGAACGTTGATATGCGCAGTACAATCCGAGAAGCCGTGAGGAAATGACCAGTGGCTTGACATCATCTTTGCATATCAAACTGATATCCGGGCCGAGCACTATTCCTGTTCTTAAGGATACGTGACAATACTGCGAACAAGATTCGGTTGAAGCCGACGGTCAGTTTGTGGCTAGTATAAAAACTCCAACTTGGGACTCAGCAGTACGGAATGGGTTGTATATGTTAGGCCTCTGTTTAATTCGCGGCTCCGGATCGGGCTCCATTTCGCCCGCCTATGTTTTATGCTGATTCACATTTCATGAGACGATGCTAAGCGGAGAGATCGTGCAATTCGTATATGCCAAGATCTGATGCTTTGTCAGCATGTCTCCAAGTTTCGACTCGGGCATGACTTCTCTCCGCTCAGTAACATTCAGAGCATCGACGGTGACTTGTTCAGCAAGACAACGTGCGTCTGTTTCCCACGGTCTAGAAATTATCATAGCACTGAACAGCAGGTGCCTGAATGATTCAGCTCTAATAGAAATTTANAGAG 5 0 3' arm Physcomitrella_patens mirnest mir-166 6e-40 ppt-MIR166j 1e-56 -43.1 ..((((((.((((((...(((((((.((.(((.(((.(((..((((..(((...))).))))..))).))).))).)).)))))))...)))))).))))))...... (-43.1)