mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAGTGGAGTGGAGTGGATG TCTTTTTCCTTCTTCACTTCACG ACTTCGTTCGTGGAGTGGAGTGGAGTGGATGCTTCCCCTCTTTTTCCTTCTTCACTTCACGCACTTCG GAGCTTTCGAATCCTTCGCTGTTGTTGTTGCAGTGTCGCGGCGCAATTGTTGCTGCATGCACTTCGTTCGTGGAGTGGAGTGGAGTGGATGCTTCCCCTCTTTTTCCTTCTTCACTTCACGCACTTCGACGCACTCGAGTATCTTCTCTTGCACCCTCCACTTTGGCAACCTCTCGCACAGTTGAGGTTCTCGGATCCTCCCACTCGGATTTCGTACCAGGTGCTTTCTTTCTGGAGCTAACGAGAATGGCCGCGAAGAGGGAAGGTGAGGTCGATGATTTGGCTCTGGTTTCGAAGCGGCAGCGCACCGATGGAGGATCTTTAGTCCCCGTGAGAAGTCCAGCTTCCCAGGCTGGCAATCAACTCAGTACAACTGTGGAGGGTATTAAACGGACGTCCAGCCTCGATGCTCCCATTATGCTGCTTACGGGCCACGGAGGTGCTGTGTATACTATGAAGTTCAACCCTCAAGGCACAGCAATAGCTTCTGGATCGCATGACAAGGATATCTTTTTGTGGAATGTGCAAGGTGATTGTGACAATTATATGGTGTTGAAGGGACACCGCAATGCCGTTTTGGATCTTTGCTGGACTAGTGATGGGCAACACATCATCTCAGCTAGTCCAGATAAAACAGTGCGCGCATGGGATGCAGTTACCGGGAAACAGATTAAAAAGATGGCAGAGCATTCATTATATGTGAATAGTTGTAGCGCTGCTAGGAGGGGACCACCACTTATAGTTAGCGGCTCGGATGATGGTACTGCTAAATTGTGGGATATGCGCCATCGCGGTTGCATCCAAACTTTCCCAGACAAATATCAGGTTACAGCAGTAGCATTCTCTGATGGCGCAGACAAAATCTTCAGTGGAGGTATTG 4 2 5' arm Physcomitrella_patens mirnest 100 cre-MIR1171 0.0002 -25.2 .....((.((((((((((((.((((.(((.........)))..))))..)))))))))))).)).... (-25.2)