mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGAGTGGAGTGGAGTGGAGT GCCTTTTTATTCTGCCTCTT AGGCCTTGTTACTGTCGAAGCCTTCGAATAGGCGCCTTTTTATTCTGCCTCTTATCGGTTGCTTTCTTTCAAACAGGCCGCCCGGTTTGTTTGTGCATCTGGCGTCGGTGATAGGATCAGGCCGGTGAAGTGTGCACGAAGTGTCTGTGAAAGAGACTTTGCGGGAGTGGAGTGGAGTGGAGTGAAGCCGGGGAGGCGTTCGGCGTTCGCGGC GCGTTGCCTGCGGGTTTAGTTGCCAGGCCAGGCCTTGTTACTGTCGAAGCCTTCGAATAGGCGCCTTTTTATTCTGCCTCTTATCGGTTGCTTTCTTTCAAACAGGCCGCCCGGTTTGTTTGTGCATCTGGCGTCGGTGATAGGATCAGGCCGGTGAAGTGTGCACGAAGTGTCTGTGAAAGAGACTTTGCGGGAGTGGAGTGGAGTGGAGTGAAGCCGGGGAGGCGTTCGGCGTTCGCGGCTTATGCAATCCGTCTTTCGAGAAGGATTAGTTATTACGCGAAGCGCTATGGAAGTGTGCGCTTTACGTTGCCTTGTCAGTGCGTCGCCCACGGCCTTCTCGGCATCTTGCCCGACATTCTCTATTGGATGCGTGTCGGTAATTTTGTAGAGGAGGTGCTGGACAGCCGTATTGACATGTAGCGTTGGAGAAGGATTTGGGGTTTGATTGAAACTAGGGTTTGGATTTGCAACAATGCGGACAGCCCGGTGATGGTGGTGGTGGTGTCGGTAGAGCAAGGATAATGATGTGTTGGCTTGATGGATCTTCAGCAAGCGAGGATTGCTAGTGCTATGCAGTAGGTGACTTGTGACACCTCTTATTTCTGAGTTGTAAGATAGACGCGTTATCAGGACCTTTGTTTGGTTGACGTTGAGTAGTTTCTCGCCAGTGGATCGCCAAATGGGTATTTGAAAATCTTTACTGCTGCGGATCCTCATTACTTAATATTCACTACCTTGGG 4 1 3' arm Physcomitrella_patens mirnest 100 cre-MIR1171 0.00004 -66.1 ..(((.((..((.((((((((((((.....(((.((.((((((((((((((.((..((((.(((((...((.(((((((....))))..(((((((((((..((((((((((...)))..))))))).)).))))))))).))).)).))))).)))).)).))).))))))))))).))......)))..)))))).)))))))).)).))) (-66.1)