mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGAGCTCCAC GGAGCTCCGTTTTCGGTCCAATA ACCTTGATTGTGGAGCTCCGTTTTCGGTCCAATAGTGGCTGCGACGGAAGGTGGTCCCGCTGCCGAATCACACGTCCGGGTTCTTTATCGGGGGCAGGGCCCCGATACGGTATCCGAACGTTTGTCCCGGGAACTGGTCGACCTTCCGCCCGGCGTCTCTTGGACTGAAGGGAGCTCCACTCTTGGCG GTGCTATCAGTCGAAGCAGTCGCCGAAGGGTCCTTGTATCCAGCCCTCACCGGAGACAGTTCGCTTCGGGGTGGGGAGAACTGTTGAGACCGTCGATGTTGCATGCAGCAGCACTGGCGAAGGTGCTTCTGATACTGGGTATTCCAGCCTCGCCGCTCGGTGCACTGCAGGTACGTGGTTACATGACACTACTGTGTGGGTAGTCTGGGCACAAGTAGATCGACATGCCAGATTTGGCCCGTATGCGTGTATGTGCGGTTATGTTCCCGTTTCGATTGCGGATACCTTGATTGTGGAGCTCCGTTTTCGGTCCAATAGTGGCTGCGACGGAAGGTGGTCCCGCTGCCGAATCACACGTCCGGGTTCTTTATCGGGGGCAGGGCCCCGATACGGTATCCGAACGTTTGTCCCGGGAACTGGTCGACCTTCCGCCCGGCGTCTCTTGGACTGAAGGGAGCTCCACTCTTGGCGTCTCTGGCATCGCACTGTCAGTTGTGGTCTTAAGTTGACTC 0 2 3' arm Physcomitrella_patens mirnest MIR159 0.0002 ppt-MIR319a 1e-79 -83.5 .((..((..((((((((((..(((((((((((.((..((((...(((((((((((((((.........((.((((.(((((.((.((((((((......)))))))).)).))))).)))).))...)))).))).....))))))))..))))..)).)))))))))))))))))))))))..)).. (-83.5)