mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCTTGCACTCCTCCATCTCT AGATTGACGAGTGCAAGAAGA CGCAGTCGTACTTCTTGCACTCCTCCATCTCTCGCATCTCTTGCGCATTGTGGTTCCCCAACACCTGCACAGCGGCGGTCATGTCCGGATTAGGGATCGTCTACACCAGATAAGCCACGGCGTTTTTCTCGGAGAAAAATACCATCCTTTGGTTCAACAACGGTTGCTGCGTTTTCCACGTTCGGATACAACCCTGCCCAGTTGCTGTGAGAGATTGACGAGTGCAAGAAGACCCTCTTC CCAGGCCCCATTATTCTGGACTTCAACAGCACCTTATCGAAAAAGAGCTCAGAACATGACGCCGCCTCTCCGGAGAGTCTGAACACCAGTGCAGAGAATCGTCAGTTTCCCGATGCGTACCTTGAAACGGATGTCGTCGAGAAAAGTGTGTGTATGCGGAAGTTGGAGAAAACCCAGACTTCATTGCTCGATGAAGCATGTAGCTTCGCAGTCGTACTTCTTGCACTCCTCCATCTCTCGCATCTCTTGCGCATTGTGGTTCCCCAACACCTGCACAGCGGCGGTCATGTCCGGATTAGGGATCGTCTACACCAGATAAGCCACGGCGTTTTTCTCGGAGAAAAATACCATCCTTTGGTTCAACAACGGTTGCTGCGTTTTCCACGTTCGGATACAACCCTGCCCAGTTGCTGTGAGAGATTGACGAGTGCAAGAAGACCCTCTTCCCATGTTCCAGACACAGGCCTTCGCCGAACTGAGATACATCGCAATCGACACACCGGCCGCTTCAGAATCAGTGACTAGCATACCCAGCTGCTATTGGCTTCGTCGGCTACACGTCTGAGCTTGGTACTAGAGATTAGCTAGAACAGAAGAGCTTTCTAATCTGAAAATGTTTTTCTGTGCATGTAGGAAAGTTACTTCCTCCAGCGCGTGGATACAACCCACCACAGCATGTGCAGACAGTTGTTAGATTTCGGCCATGTCTTGCTGATGCACACTTGTATTTTATATTATTTTATTTCTTTATCTCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 2 0 5' arm Physcomitrella_patens mirnest 100 ppt-MIR2083 9e-130 -70.2 .((....)).((((((((((((.((.((((((((((...((((((.....(((....))).....))))..((((.(((..(((((((((...(((.(((....((((((........((.((((((((...)))))))).))....)))))).((((....))))..)))...)))..)))))))))..)))))))..))....)))))))))).)).))))))))))))......... (-70.2)