mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCGTGCCAAGCTGTGTGCAA GCCGCAGTTTGGCATGAAGC TCCTAAGTGTCTCCCCTTGGAAGCCGCAGTTTGGCATGAAGCACTTATTCCTTTGCGCATCCATTTTGTGACTGCTTGTATTGAGTCGAATCCAATTCCTTGCCTTCTACTTCCTTCCAATCTAGATCACTCCTGGTTTTTCACATTGTTTGGTTGTTGGGGGTCATATTGTTTGTATACCTTTTTTCGCACGAAATCTTCAATTTGAAAGACGCTGTTGGAAACTCTAATTTCGAATTTCTGCAGCCACACCCAATAGTTTGAGGTCTTGTCGGTATCTTCCTTTGCGCGCCTACTTCAGTGACTGCAGAAAGTCACTGCAGTCACTACCGGGGACGAACATACTAGCACTGTTAATCTCTCTATACTCGTCAATCTTCAGTTGTCCATGCACGATTTCTCCCTAAAATTATTGAGGGGATATCAGAGTTTCGTGCCAAGCTGTGTGCAACCAAGGGATTTCTCACTTC GTGGCTTTAGGATCTCCACCAATTTTGTACCCGCGTGGACAGTCGCCGAATCCGGAGCAACACATATTTCTTCCAGCCGACGCCTGTTGTGTGGATCCTAAGTGTCTCCCCTTGGAAGCCGCAGTTTGGCATGAAGCACTTATTCCTTTGCGCATCCATTTTGTGACTGCTTGTATTGAGTCGAATCCAATTCCTTGCCTTCTACTTCCTTCCAATCTAGATCACTCCTGGTTTTTCACATTGTTTGGTTGTTGGGGGTCATATTGTTTGTATACCTTTTTTCGCACGAAATCTTCAATTTGAAAGACGCTGTTGGAAACTCTAATTTCGAATTTCTGCAGCCACACCCAATAGTTTGAGGTCTTGTCGGTATCTTCCTTTGCGCGCCTACTTCAGTGACTGCAGAAAGTCACTGCAGTCACTACCGGGGACGAACATACTAGCACTGTTAATCTCTCTATACTCGTCAATCTTCAGTTGTCCATGCACGATTTCTCCCTAAAATTATTGAGGGGATATCAGAGTTTCGTGCCAAGCTGTGTGCAACCAAGGGATTTCTCACTTCATGGTTCGTCTTCGACTAGTATTCGCCAGGACAAGCATGGGCTCTGAGCAGAGTTTGTTTGCGCGGATCTACTATACCTCGCCCAGTTTGCAGCGTGAAGCCTCCTCAACCA 2 1 3' arm Physcomitrella_patens mirnest 100 ppt-MIR536e 0 -114.6 ....(((((....(((((((..((((((((((((((((((((.((((((((((((.((((.((..(((.((.(((..((((.(((..((...((((....(((((((.((..((...((((..((((((....)))))).....))))...))..)).))))).)).))))..((((.........(((.((((...((((((.(((......(((((.(((((.((.......)).))))))))))......)))....))))))..)))))))..........))))(((((.....(((((((((((.......)))))))))))....))).))((((.........))))..)).))).))))..).)).))..))).))...))))..(((((.......)))))..))))))))))..)).)))))))))))))))))).))..)))))))......))))). (-114.6)