mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTAGGCAGTGCACAGCGATA TTGCTGTGCACTACTTAGTAC CACCAAACTCTCTTGTTTGTTTCCGGCGTATTGCTGTGCACTACTTAGTACACGCGTATCGGTTTGCACTCCAGATGTAGCAATTGAAAACGAAGATATTCCTGGAAAGTTTGCAACCGCGTGGGTGCTAGGCAGTGCACAGCGATATGCTGGGTATGGACAGCTACTTTTGAA GATACCTCAGGACGCTGACACGTCACCATTTCCAGCCTTCATAGCTCAACTTATCTTTTCATTTCTAGATTATCTCCGGAGTCTCAACATTTTCATTTCGCAGCGAAGCTTAGCTACACACCAAACTCTCTTGTTTGTTTCCGGCGTATTGCTGTGCACTACTTAGTACACGCGTATCGGTTTGCACTCCAGATGTAGCAATTGAAAACGAAGATATTCCTGGAAAGTTTGCAACCGCGTGGGTGCTAGGCAGTGCACAGCGATATGCTGGGTATGGACAGCTACTTTTGAACTCAATCATTTAGTAACTACAGCGCTAGTCTTAGTGCTGCGTATCGTTCTAGCCGACAGCGGAAAACCACGGCGATTACCTAATACGCGGAGCTGTGGACGTCTGCTTCGTGGACCATCTTTGCGGTGGTGGTCTTCCTTTTCACGATCACATGTCTTTTATCTTCGTCTTTGGCTGACCTTCTCTAGTTTCATAAACTTGGAAATCTGTCCCGTTCTAATAATCTGAGTGAATATGCATGTGCGAGGACAGCTCCTGGGATGG 1 0 3' arm Physcomitrella_patens mirnest 100 ppt-MIR898a 7e-96 -66.2 ...((((.....((((((((.(((((((((((((((((((((.((((((((.(((((...((((.(((.(((((..(((.................)))..))))).....)))))))))))).)))))))).))))))))))))))))))))).)))))))).....)))).. (-66.2)