mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GATGGGTTATCTCAAAGTGGA TACTTTGACATAGCCCACTTC CCAGCCTGTGAGATGGGTTATCTCAAAGTGGACTTTCTCTCTGTCTTGGCTTGAACTCTACTTTGACATAGCCCACTTCAAAGGTAA CACCGTCGAATTACATGGTTGAATTGGGGAGAGTGGAGAAGGTACTTGGCCTGAGGGCAGGTGCCGTGAAGATCTTTCTAGAGAAGTTTGCCGCTATGAATCCAACTTCTTGCGGTACCGTCAGCTTGAACCAATTTGTCAAATGGCATCATATGCCGAAATGCTGGATGTCGAAGAAGATATTTGATCTTTTCGACAAATCGGGACAGGGCTTCATGACTTTTAGAGAGTTCGTGGCGGTAATGGGATCAATCACTAAAAGCAAGGAGTTTAAGAGTCAAATGAAAGCAGCTTACGATGCATGTAACCTTCAAAACAGTGACTGCATCTCACAACTGGAGCTGGAAAAATGCCTGAAGTTAAGTATGCCAACAATTAGCTCTGCATACGTGAGGGCGTGGTTCAGTAAGATTTCTCAGCACGATGATGGGGCCATAAGCTGGGAGGATTTCCAAGTCTTCTTAGAGACGAACCCAGAGCTATTGCCCATTTTCATGGTGGGAACTTTTTAACTTCGAGCCAGCCTGTGAGATGGGTTATCTCAAAGTGGACTTTCTCTCTGTCTTGGCTTGAACTCTACTTTGACATAGCCCACTTCAAAGGTAACTTGAATACACTCAAAACGACGTCAAGTTCGCTGTGTACCGGCCCTATCAACACCCAGGCAGCCCAGATTGTACTGGTAATCAGGGCCTAATTCTTGATGTCATCGCTGCCTGTAGAATGCAAAGACGTGAACAGGGTTCACCAGTGAGGGTGTTTGATTCCTACCGAATTATCGGGACCTTGATTGTGAGGTTCGTGACAAATCCGGAACTTGACGTTGATGGTATATTTCGAGATTCGCTTGAGAGTCGACTGTCAAGTTTGCGTAGTGTACTGAAGAACATTGTTTATCATTTTGGAATTCTACTGAGCAGACCGCAGTGTCTGGTGAGTTGCAATGCTTGGGAAACGGAAAGC 2 0 5' arm Physcomitrella_patens mirnest 100 ppt-MIR1053 3e-44 -35.1 ...((((.((((.((((((((.((((((((((..(((.....((....))..))).)))))))))).)))))))).)))).)))).. (-35.1)