mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGATTGAAGAGATCTCCGA GAGTTTTTTTTTATCTTTTA GTGCGCAATTTTTGGATTGAAGAGATCTCCGAGCGGTGGTGTGTGTGCATGTTGCGATTCGTTTGAGTTTTTTTTTATCTTTTAACCTGAAC ATGTGTCTCACATTCAGGTTCTGGGTGCGCAATTTTTGGATTGAAGAGATCTCCGAGCGGTGGTGTGTGTGCATGTTGCGATTCGTTTGAGTTTTTTTTTATCTTTTAACCTGAACATGGCATGTGAAAGAGAGATGTGAAGTCGGAAACAGTGATCGAGCTTGTGTGCACTTTGAGGCGGTGGTAAGCCAAGGGCAGCGAAGCAAGCGATCGGCAAGGGTGGGGTGTTCAATAATGTTTGATTAGCTTTGAAGTTTTTATTGGAAGACTTTATGAAACTTAGTTTCACAGAATAGCATTCTTTGCACAAGAAGAATTTGTAATTTGTCGTGGCTACTCACGGCCATCCACTTTGACGTTCGACGATTGTAGTTATGGCAACGGCTCAGCTACATGGGCGCTGGAATTTGACGCCTTCCCGAGCCTTGCCTGACAGGAAGAGCAGATTCGAAAACCTTCGGTTATGTGGGCTTCCTCTCTTGACTGAACAAGCAGACCTGAAAGGACTTCGAATTGCTAAAAAAATCGTCAAGGAGAAGAAATAATGGTCTAGTGACTGCAGCCCATACAGCAAGAGGATCAGCTATTGACCATGGATACGACTTATACGAGCTCTTGGGGGTGGAGACTGACGCGCCATTTCCTGAGATCAAGCAAGCGTATAGATGGCTGCAGAAGAGATGTCATCCAGATATTGCCGGACCTATCGNCCACGACATGTCCATATTGCTCAACGATGCTTACGC 4 1 5' arm Physcomitrella_patens mirnest 100 100 -17 .............((((.(((((((.(((.((((((.........((((...))))..))))))))).))))))).))))............ (-17)