mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTTTTGTTTTTTGTTTTT AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA TAAAGCTGATTGGTTTTTTTTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTTTTTGTAATGACTGATTGCAGTTAAAACCAATAAACCCCATATTTTTCAGAACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA CCAGTTACATGCGTTGATTAGATGAATTGCAGGCAATAACTGTGACCAAATGGGTTGGAGAAAAGGTGTCCCTTTTTGTTTAATGATTGGATTAATTTTAATACTTCTTCCAACCCAAATGTAAAGTGCCTCTTTTTATACATTCCATTGAGCTTATGCTCCTTACCTTGAATAATGATGCAGAAGCTATGTTTGAGTAGTTATTCCTCAGTTGTTGAAGATTGGTTAACAGGATAGACACACAAGGTATCTAGCCTAAACTGTTGAATGTATTTTTAAACAGCATTTGCTGTTCACTACAGTAATTTCTGTGAGTTTATATAAAGCTGATTGGTTTTTTTTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTTTTTGTAATGACTGATTGCAGTTAAAACCAATAAACCCCATATTTTTCAGAACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAAAGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGCCCCCC 3 0 5' arm Ictalurus_punctatus mirnest 100 100 -22.9 .........((..(((((((((((.((((.((((((.(((((((((..(((..(((....(((..........))).....)))..)))..))))))))).)))))).)))).)))))))))))..))........ (-22.9)