mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTTGTTTGGGTTTTTTTTT AAAACAATACGAGTAAAAACG ACTAATACTGTAAAAACAATACGAGTAAAAACGAAAAGGAACGTGTTTTTGTTTGGGTTTTTTTTTTTAGTAAGA AAGTAACAAAATTGCTTTGTATTTTACGCATGAAATTGCAAGAAATGTGTATTTACAAAAGATGAGCAAATTAGTGTACAAAACCTGTGACACTTGGATTAAACAAACAAAAAAAACAAAACAATCAACAACAAAAAAAAAAAAGAGTAGTGGCATGACTTTTATGAAGATAAAAAAAAAAGAAGTCAACACTGGCAGTACCACGTCAAAACAGGCAGCTTGTGGCAGGCTTCGTCCTCAAGCATCGCAGTCAGAGGGCTAAGTGTCGAAAATGCAAAACACTAATACTGTAAAAACAATACGAGTAAAAACGAAAAGGAACGTGTTTTTGTTTGGGTTTTTTTTTTTAGTAAGAGTTTCTGACTTAACAGTGAAGGTTCGTTGGTTGGTTAAGTATACGATTTCTAAGCACTCGATACATCTCAGTTTTCCCCCATTAATGCTGTGTGTAAGACCACGCCACTGAACCATGGGGCCATCAGAAAACCTCGAATCATCTTAGTGATTCTAATCCTTAAAAGTTTCCCAGCAATTTGAACCCCATTTACACCCGGATGATTCATGCATCCTGGATCAGATTGAAAAATTTCATGGTGATTTTAACCACAGGTCAAAACGAACGCCAACTGGTTTCGACAAAGCTCGTTACGCGTGGCCAGCCGCTCCTCGTTTCCAGTGAAAGGAGGTTCTGGTTATGATCTCCTGTCCTGAGGTGATATTAGTAGTGAC 3 0 3' arm Ictalurus_punctatus mirnest 100 100 -15.2 .....(((((.(((((.(((.((((((((((((..........)))))))))))).))).)))))..)))))... (-15.2)