mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATTTTGCTTCTTTCTAGAA CTTAAAATGAGCAAAATGATC TAGACATTATTTCAAGCTTGTAGTTTTCTTCTATTGGCAGATCATTTTGCTTCTTTCTAGAATAAATACTTAAAATGAGCAAAATGATCTGCCGGTAGAACACGACTATTTCAAGCTTGAAATGAGC AGTGGTCGCCTGCGGTCCGGTCCGGATTCCCGGGTCGACCCACGCGTCCGGGGACTGAGAATATTAATTAATTAATGCTGGTGTGGATTAGATTCTGATACAGAATGCCATTTTGAACACAGTCCATGGCTTAGCACTGTACTACAGACATGTAATTCCCCGCAAATTTAAGACAAATACCAAAGTGTAGTTAAGTAAAAATCGTAAAAATCATAGGGTCTGTTCTGGGTGTTTGGATGCGGTTATCGGAAAATGATGAATGACGGGCTGGTGTGAGCTACTCTTAAAACCCTGAAGTCGATAATTTTCCTACAACAGCATGTCCCAAAGTGTTTTATTCTTCAATCCTTTGGGACGTCTACAAAAGAAGTTAGTTCGCTTCTCTGCCTTTTAGCAGATCAAGTGTAGTACAGTATATGTTCTTATCAGGGCAGTGGTAGGTCAAATGTCATCTTATCAAGTGTAAATATCTTGAACATAGTCTAATTTATCTACACTCTACAAACACTGGGTTAAAAACAACCCAAATTGGGTTATGTTTTACCACTCACCCAGCAGGTGGGTTATACAAAACTACCCAAAAACTACCCAAGAGCCATTAAATGGCCCAAAAGGCTCAACCCAGCGTTTGGCTCGAAAAAATAACCCAGCATTTTTTAAAGTGTAGTATTTCTTATTATAAGATTACAATAGGCCAAATATAAGATCATTAAACATGTTTCTAGACATTATTTCAAGCTTGTAGTTTTCTTCTATTGGCAGATCATTTTGCTTCTTTCTAGAATAAATACTTAAAATGAGCAAAATGATCTGCCGGTAGAACACGACTATTTCAAGCTTGAAATGAGCATAAATGGCTTTGAGAAAGGATGATGATNCTATATTNNGTTGGAATGGGGATCTATGAN 5 0 5' arm Ictalurus_punctatus mirnest 100 100 -53.1 ......(((((((((((((((((((...((((((((((((((((((((((((.(((..((........))..))).))))))))))))))))))))))))...)))))...)))))))))))))).. (-53.1)