mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTGATGCTGCTGATGATGTT CATTAAGAGTATAGTCACTAT CCTGGGGCCCAACATTAAGAGTATAGTCACTATGTTGATGCTGATGCTGCTGATGATGTTTGCTGTGCA GACAAGAGGAGGGCCTGGGGCCCAACATTAAGAGTATAGTCACTATGTTGATGCTGATGCTGCTGATGATGTTTGCTGTGCACTGCACCTGGGTCACCAGCAATGCCTACTCCAGCCCCAGTGTGGTACTAGCTTCTTACAACCATGACGGGTCAAGGAACATTCTGGATGATTTCCGTGAGGCCTATTATTGGCTGAGGCAGAACACGGACGAGCATGCACGAGTCATGTCGTG 5 0 3' arm Ictalurus_punctatus mirnest mir-598 0.00001 100 -13.8 .....(((.((((((...((......))...))))))..)))..(((.((.(((...))).))...))) (-13.8)