mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAATACTGTCTGGTAATGCC CGTCTTACCAGACATGGTTAGA GCCTGTTAATTGGCGTCTTACCAGACATGGTTAGATCTGATTATTAGTGTCTAATACTGTCTGGTAATGCCGTCCATTACA ATTTCATTCCTGTTTTTCTTTCGTGTACAATAAATTCAGCCCAGTCTACGATATATCTATCTGAAGCCTGTTAATTGGCGTCTTACCAGACATGGTTAGATCTGATTATTAGTGTCTAATACTGTCTGGTAATGCCGTCCATTACATGGCATTAGCGTCCAGATGACAAAGAAAGGAAAGGATGCTCCAAGGATGTCATTTGCATTTGTGCTATTCATGCAGTATGATATCTTAGTGTTTTGGGTTTTTTTTTTAAATTTCTTTGTGAAGGAAGTAATACGAATGGATCACTTACAGAATGCTCTGAATCATTTTGCCAGGTTAGTCAGGCCTTTAAAATAGAACAGACCAAGTCGCTGGTTTAACCTGTACGAGGAACTATGAACCCAACACTGGAAGACTGATGCCATTTACAATGCTCTTCCATGTGTCATGAGTCAGAGTTTCTTTCCTCCTCTTCAAGAGAGCTGTGAGTCGTGTTTGTCATCCATCATCCCCTGTTCATACAGTATATGTGCTGAGAGTTGTGTGATGTACCTTTCACAGTATAATTATATAGTGTGTAACCTTTGTATGAAACAGCGGTTCGATAAATATGAATGTCATGGTTGTTACATCAAAAAAGAAGCATGTTAATTGTTTGAAGAAGACTCGGCAGCATGTTCTCATAGTGTTGTCATGGTAACTGAATTCTACA 2 2 3' arm Ictalurus_punctatus mirnest 100 tni-mir-429 3e-25 -27.3 ...(((....((((((..(((((((((..(((((((((((...)))).)))))))..)))))))))))))))......))) (-27.3)