mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTGTTTCCTACTTTATGGAT CCATAAAGTAGAAAGCACTAC CTTGGGAAGTACAGTGCAGTCATCCATAAAGTAGAAAGCACTACTAAACCCCTCGCCACAGTGTAGTGTTTCCTACTTTATGGATGAGTGTACTGTTGGCTACTG GCGGCAATGCTCGAGTTAGCATAGCGTGGAGTAAAAGAAAGAAGTAACAGGTTACACTTCAAAAATTGTAACCAGTCTTTAATTTAGAGAACAGTTAACTAAAAATAAAGTTTTCAACGTTTAACAAGATGTTGTTGGTTTCAGTTAGCGAATCTGTTCGTAGGTTGAAAAGAACTTTATGTGGAATTTTGCAAACAATTAAGTTTTGACCAATTATTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTGCTGTCTTAAATAGAGGTCTGAAAATTCTGTGAATAAACATACAAGTACTGAGACATGACCAAAAAGTCAAAACTGTTTGCAAATATTTTTTATACATGACGTCAAGACGTCACATTAATTCAAGAGTAACAGTTTGGGTGTGGTTTACGCAGACAGCTGTAAAAGAGCTGGAAGACTGTTCGTGTGTATGTGCCTGTGTATGTTAAGGGGGAGGGGAGCCTTAACCACTAACTCTACAGGTGCAACTGATGAACGGAGGACCTGGAGACGGCTGCGCTTGGGAAGTACAGTGCAGTCATCCATAAAGTAGAAAGCACTACTAAACCCCTCGCCACAGTGTAGTGTTTCCTACTTTATGGATGAGTGTACTGTTGGCTACTGGGAGAACGTTCTCACACTTTAACGACTCAACATGGTGGACAGAGAAAAAGAGGAACTGGCTTTGTTTCATAAGACTGTGCATAGCTCACTGTGTAAAATTTAAGCCACATGAGCTGCTGCATATGAAGAAACAAAGCCAAGCTAG 1 0 3' arm Ictalurus_punctatus mirnest mir-142 2e-39 dre-mir-142a 5e-46 -44 ....((.(((((((((((.(((((((((((((((.(((((((((..................))))))))).))))))))))))))).))))))))..))).)). (-44)