mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATCTGCATTTTTAACAAGAT CTTGTTAGAAATGCAGAAGTT CCAGAAATGCAGCTTGTTAGAAATGCAGAAGTTTTGGCCATGCCCCAGACCTTCTGAATCTGCATTTTTAACAAGATCTGTAGGTG GTTTCCTATGTAGACTGTAGTTCATTTATACCATAACATTTAGAAACATTTTTAATTAACATCTGGTTATTTGTGGTCATCTCCCCCAGAGTCTTACTTTATAAAGTGAGCTTCTCCCAACCAACAGCATCAGCAATACCAGAAATGCAGCTTGTTAGAAATGCAGAAGTTTTGGCCATGCCCCAGACCTTCTGAATCTGCATTTTTAACAAGATCTGTAGGTGATTCTTACGAGAAGCTTATCCTGGAGTTACTTCATATAAGTGCTGTGTTTAAGGTTGAGACTACTAAGATCTTTTTCAGTTTCAGACACTTTATGGAATTAAATTGTTCAGATATTTTGTTTATTTAAATCAAGAAGTTGATTCTATCCTAGTAAAGGACCCACAACTGTCAGTGGCTATTTACATAGCCATATCCTCATAAGCAAATTAATAGAGACAACGACCATTTCTAAATGTTTCCTTAAATGTGATTTCTTATTTTGATGCTAATTTTTTAAAAACTGGATACACACTTTTCAAACTTATCTTTATTGGCTCACTCTTACACAGTGCTCAGGATGCCAGAGATCCTTTGTTTTTTTTAACAGCCTTGGGATCTGACAGTTAATTTTCTAGCTATTTCTTTTTCCTCAGTCATGCTTTCTTCAAGATTGAATGTTTACTGTTTTGTCCTTTCTTTTCCAGAGGAGATACTTACAGAAGTTTTTAAGTCCAGTTGCAACCAGTAGTGCCCAAGCTATTACTGAAGTCCTCCCCTCCCATAAGCACAT 4 0 3' arm Ovis_aries mirnest mir-544 0.00002 100 -26.6 .......((((((((((((((((((((((......(((...))).((((...))))..)))))))))))))))))..))))).... (-26.6)