mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAAGTTCGTTTGGATTTTCC AAAAACCCGAACGAACTTTTTG CCTTCATCCTAGATCTCTTTGTAAATGGATTGGGTTAGCCGAAAAGTTCGTTTGGATTTTCCCCTAAGGTGTTATATATTATATGAAAAACCCGAACGAACTTTTTGGCCAACCCAGTAGTTTGTATGGAGCCCTTACCTGTCTT TACTCTTGCCTGAAGAATCCCATGGACAGAGGAGCCTGGTGGGCTGCAGTCCATGGAGTCGCGAAGAGTCAGACACGACTGAGCGACTTCACTTCCACTTTTCACTTTCCTGCATTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTGTTCTTGCCTGGAGAATCCCAGGGCCGGCAGAGCCTGGTGGGCTGCTGTCTGTGGGGTCGCACAGAGTCGGACACGACTGAAGTGACTTAGCAGCAGTAGCGTTTATTGTCCTCTATATGCTAAGTCCTGATAGTTGGGCAGCACAGCTACAGCAGGCCTAAATTATTGGTCACTGCTGTGGGAATGAGGATAAAAAAAATGCGTGGTTTCCACCTCCTTTCTGACATTTTAACGGAGTGTGTTGACTGTACTTGACTTTGAGGTTTTTGGCAACACAAAAATGGCAGAGGAAAGGAAATAAGCACATCAGTTTTGTTGACTCCTTCATCCTAGATCTCTTTGTAAATGGATTGGGTTAGCCGAAAAGTTCGTTTGGATTTTCCCCTAAGGTGTTATATATTATATGAAAAACCCGAACGAACTTTTTGGCCAACCCAGTAGTTTGTATGGAGCCCTTACCTGTCTTAGTATTCCATTTTCTATGCTGTACAATGTTATACAAGGTATTAACCTTTCTTAACCTCAATTTCCTCATCTGTAAAATGGAGAAATAAAAACTTTACCTCCCAAGTGTTGGTTTGATACTTAAAGGCATGTTTAAGTATCTTGCACATGGTGAGAGCCTGGGGGTTATTTTTGTCTTTGAAGGACTTATTTGCAGTTATTTTGCAGACTAGGAAAAAATTGAAGTGCTGCCTGATGTTCATGTAACAGAA 2 1 5' arm Ovis_aries mirnest 100 bta-mir-2284x 0.000002 -45.8 ..............((((.(((((((..((((((((.((((((((((((((((((.(((((...((.(((((...))))).)).)))))..)))))))))))))))))).)))))))).))))))).)))).............. (-45.8)