mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTACAGTATAGATGATGTACTC GGATATCATCATATACTGTAAGT GCCCTGACTGGGATATCATCATATACTGTAAGTTTGTGATGAGATACTACAGTATAGATGATGTACTCGTCCGGG CCTTGGTCTGCAGTTTCAGCTCCAGGTAAGTGTTCCTCCTCTGGCTCTGTCTGCTTGTGGGTCTGATCAGAGGGAATCTTCGGGTTCATTGTGATCTTTGGCTTGTTTCACACCAGCGCTGGGTCCCTAAGTTCTCAACAGACCCTAGCTCTGAAAGGCTCTTTGGATCAGTCCCCTTCAGGGTGTCCTTGATCAGAGTCAAGATGTCTCCCAGGGAGTGGGGAGCTCTGTGTCCTGCTCCGCCCCTATGCCTGGCTTTCTCTGCCCCCGTGCTCTCTGAGCCATGCTCCCTGCGCCTCCCGCAGGGCCCTGACTGGGATATCATCATATACTGTAAGTTTGTGATGAGATACTACAGTATAGATGATGTACTCGTCCGGGTGCTCCCAGCTCTGGAGCCAGCGGAGGAGGCCAGGGCTTGCTGGAAGCCCACCATGCTCACTGCTCTGCCTGTCACAGCCTGCCGACCGCCAGGGCACTTGGGGTGGCGAGG 3 1 3' arm Ovis_aries mirnest mir-144 8e-29 mml-mir-144 5e-30 -25.6 .(((.(((.((.((((((((.(((((((((..(((.....)))....))))))))))))))))).)).))).))) (-25.6)