mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGTTGTTGTTTTTTGTTTTA AAAATAATAGCAGCACAAAC CTTTAAAGAACAGTACTGTTTGAAAATAATAGCAGCACAAACATGTTAGTAGGAGACTAGAATAGCAATTTGTTGTTGTTTTTTGTTTTAATTTCACTACTTGTAATGC AAATGAATTAATCATAGTCAAACTTTTACAAAATGCCCTTGCTGGCAAAATGAAACCTTAAGATTGCACTATTGGTACAAGACATTGTAGTTTTGTAAGCATGAGTGATAGAAATATAGCATTTCATTCCCCTCGTTTCTCACAGTTTTGTATTCCTTACAGACCATCCAACAGTTCCAAGTACTTTTTCATGTAGAATGCTTCATTGAGAACACTTTTCCATCTATCTATACGACCCTAGTTGGCAAAAGGAACAACATATACAGGCAATATCCTACAGTTCCTACCCTATCCACAAGTTTGTTTCCCAGGGAAATTTCTAATAAAACAGTGAAATAAGTGTGTTACTTTTAATCTTCTGGTCAGCTCCTACTGCATCAGATACTGGACAGTCTAGTAGATAAACTGAAAAGACCTTGGCTATCCAGTAACCTCTTAAAACAGTATGTACAGTTTCATGTTTGTAGATGTTTCTGGTGTCTGTGTGTTTCCCTAGCTTCTACTAGGTTCTACAATGTACATGTCGTAACTTAACCCTGCTGAAACCTACACATTTAAGTGTTACAGGTTTATATATGACACTGCCAGCACTGGGTGTTAAGGCAATGCATCCACTGCTACTGTATTATATGACCAGATTTCTTTAAAGAACAGTACTGTTTGAAAATAATAGCAGCACAAACATGTTAGTAGGAGACTAGAATAGCAATTTGTTGTTGTTTTTTGTTTTAATTTCACTACTTGTAATGCTGTGCACATTTTTAATGCTGCTGGTTGCCAGATATAAAAACAGTTGAAACATTGTGTTGTCAATATACATGTACTACATGTGCATGTGTGTTAGGCTAGTTTGCATGCAGACT 3 1 3' arm Branchiostoma_floridae mirnest 100 100 -22.5 .........((((((.((.((((((..((.(((((((((((..(((((.(((....)))...))))).)))).))))))).))..))))))...)).))).)))..... (-22.5)