mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTTTTTGCTGTTTCTTAACT TTAAGATACAAGTAGTAAGGAT GTTATGGAATAATTAAGATACAAGTAGTAAGGATATCATGTTTACAATCACTTTTTGCTGTTTCTTAACTAATGAGCTA AGAAGCACGTCTGAGACAGCCTCGCATTCTCTCAATGATTCGAAAAAGTTACTTTCAAGCATGCACGAATAGTTTTAGGTGTTGTGGGTGTATTAGTTTCAGCCACAACCAAGGTTGTGAATTGTTATAACACTGTTATGGAATAATTAAGATACAAGTAGTAAGGATATCATGTTTACAATCACTTTTTGCTGTTTCTTAACTAATGAGCTAACACGGGCATCGATATCGTGCTCTTAGATCTAGAAGTAAACGGTTTTGTTGTATTCTAAGAAGCTACGATGAGATAAACACTTATTTGTTAACGACTGGTTTGATAATTGTGATGGCAACTATTAATGTATTGTCAGGGTCAACTTTGATGCTTTGAATAAAATGGTTCCCGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAACAGGGTCAGAGCCCAACAAAAGTTTACGGTTGGGAGAGATGTTGACACACGAACTTATTTTACTGCCGCCACTATGGGCTATTGCATTTCCAACACGAATTAATGGTTTTAACTGGTTAGCCACACTATCCGGGTCAAAGCATTTTAAGTGGGAAACACCTCTATTATCATCGCTAAGGTT 4 1 3' arm Branchiostoma_floridae mirnest 100 100 -12.1 .........((.((((((.(((.((((.((((((............))).))).))))))).)))))).))........ (-12.1)