mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATATATATACACACATGCAA GTGTGATAGTAAATACATATG GAAACACCACTTGTGTGATAGTAAATACATATGTACTAGCAATATATATATACACACATGCAAGTAGTGTAG ATGAAGAACCAATCGAAAGCAGTTGTATCTAACACTACACACACAATTATTTACACTTTATTATGGTCTTGAGTATCTTACGAATAACTATGAAACACCACTTGTGTGATAGTAAATACATATGTACTAGCAATATATATATACACACATGCAAGTAGTGTAGTAATAGGCTCCTTCCATCTTCCCAGATGTAGTGTAACCAAATGATAATTCTCAAACACTAAGTGAAACCATACAAATTATACATTTTGCAATTGTTTTATCATATCTTAGTTCTTACGTTTGTGACTACATATGACAAATTTATTTCAAATTGTTTATTCAAATGGAGACATTTTTAACAGGTTGTTTTGAAAGTAGAGAAAAAAGTGAATGTATTTAAGTGATAACATGCTGATTAATTTTCACCATTAATTCATGTGCATGGAATATACAAAAGTGTTCCGA 5 0 3' arm Branchiostoma_floridae mirnest 100 aly-MIR167d 0.0002 -18.2 ...((((.(((((((((...(((.(((.((((.........)))).))).)))...))))))))).)))).. (-18.2)