mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGTATGACTTTGGCAAAGCA CTTTGCAAGTTATGCCACC GATTTGACCTTTGCAAGTTATGCCACCTTAGTAAGGTATGACTTTGGCAAAGCATTTCAAAACA GATTTGACCTTTGCAAGTTATGCCACCTTAGTAAGGTATGACTTTGGCAAAGCATTTCAAAACATCATCTTGGTGAGATATGACCTTGGCTTGACCTTGACAACATTTGACCTTGTAAATTTGACCTTGGTACTGCTCCAGCATGTTCCTGTGAGTGAGAAGCAGCACCAGTCAAACACCACGTGTGCCTGAAATGTTCTATATAATTATGTACAGACGACTCTCAGCTCAGTTTTTATATTTCTTTACCGAATGTTGTTGTCCCTAAGAATAATGGAACCAGGCGTTGCAAAATTGTCCAATTTCTGAGCTGGGCTGCAGTATTTGCGCCA 3 2 3' arm Branchiostoma_floridae mirnest 100 100 -18.3 ..(((((.((((((((((((((((..........))))))))))..))))))....)))))... (-18.3)