mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGTATGTTTAGTGTTAAAAAC TTTCGATGCAAAATTTCAA ACCAATAAGATGATGCGTTCATTTTCGATGCAAAATTTCAAAATGGGCATTTGACCCGTTACGGTATGTTTAGTGTTAAAAACAGCATCATAAACCACAATT ATTCGGCACGAGGCGCCACAGTAGCAAATGGAAGGACTTTAACATTAATCATACCAACGCTTACTGGTACCTATTTGTACCATAGCGGGTAGATAACGGTTTGCGAAAAGTATTACTCAAAATAAACAAAACAAAAAAATGTATATTACCTGTAAGATTTATGTAAGCAAAAGTCATGAAGTGAAATGTGCAAAACCAATAAGATGATGCGTTCATTTTCGATGCAAAATTTCAAAATGGGCATTTGACCCGTTACGGTATGTTTAGTGTTAAAAACAGCATCATAAACCACAATTCAATTCAGCACACTTCACTCCTTTTTATTGTCCTGCCTATTCTAGTGTCCTCGCGAGGTCATACCTACTAGATTCACCGAATTAGTAGGTGAGCTCACGGGGAAATCATAGGGTCTCTTTAATCTCTAATTTTGTCATAAAGTAACTCTTGAATACGAAGTAGGTAACTGTTGAATCTTTGTGCATACATTTGTCTAATATAAGTGCCGTGTTTAATAGAGTAGTAATTTTTTAATTAATGTTGGCAACATTTAAGAAACATGAGTCCGGCGAATAAATGTAGGAATATGTGCCAGGTGGTACATGTGCTAGAAACTACTAGTAGGGCAGCGTCATTTACCTACTGCAAGAATTGCAATGAGCACTGTAAAAATTTGGCACATATAACACTATTGTAGTATTATTTCTGCATTACAAAAAATCAAACGTTGAGTATTTGGCAGATGTCAACTAAGGTCTTTTAAAAAAATTATGAATTTATTAATATATTGGATGTATGGATACATAATTGCAATTTACTAT 4 2 3' arm Bombyx_mori mirnest 100 100 -20.4 .........(((((((.....((((.(((((.((((.((..((((((.......))))))..))...)))).))))).))))..)))))))........... (-20.4)