mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAATATTGTGTCTTGTAAACTT GTTTCAGGAACCATATTTGTG TAATTTGTAGTAGAATATTGTGTCTTGTAAACTTAATTCAGTTGAGCATATGAAAAGGGTTTCAGGAACCATATTTGTGCACAATTG CGAATTCGAATTCGAAATGCGCCATGGGTTCAGTAGTTAACAAGCGACTGAAGGTGTATGGAGTCAAAAAGCTTCGTGTTGTGGACGCCAGCGTCGTGCCCGTCATCCCAGATGGCGTGTTAACGTCCGCTGTACTGGTCATAGCTGAAAAAGCCGCTGATATGATTAAAGAAGATCATAATTTGTAGTAGAATATTGTGTCTTGTAAACTTAATTCAGTTGAGCATATGAAAAGGGTTTCAGGAACCATATTTGTGCACAATTGGTATTATTATATTCTGTTTATGTGTATTGTGTTTGGTTTATAGTAAAAAATAATAATAAATAAAGAATTACAGATAATATTATT 2 2 5' arm Bombyx_mori mirnest 100 bmo-mir-2800 1e-40 -15.7 .....((((...((((((.((.(((((.((((((..((((..........))))..))))))))))))).)))))).))))...... (-15.7)