mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAAGGGAAGATATTTGTATGA ATACAAATATCTTTTCCAGCG GGTCGCGGGTTCGAATCCCGCCAAGGGAAGATATTTGTATGATAAATACAAATATCTTTTCCAGCGTTATGGATGTATATTAAA CCGGGCTGCAGGAATCGAATCGTGCTCACAAGTTACAATAATTTGTATTTGGCATGTTAATGTCAGCCAGCTGTAATGTCAGAGTAGCTTGTTTTGAAATATCGAAATTTAACATTACTTTTAGTAATTAAATATTATTAGTTTTTATTTCGTTAATTTGAAGTCTGGTCAAATGAGCTAACTACTATTGAGTTAGTTATTATCGAGAACCCGTGGTACCATTAATTAATAGGTAACTACTATGCGAGTATTTTACTGGTAGGGTTTATTCTGAGCCCGAGCGGGTAGGTATCACCTTTCTGCCCATTTCTGCCGCGAAGCTATCATGCGTTCCAGCTTGAGGGGTGAGATACGCTTTATACAATGTGGCAATCACGCTGTGACGTGTACGGTATCTCGTAACCACCTAAGACCAGATTGTCCGTGAGCTCCTCTATTTATGTATGACAAAAAAAAAACACTGTAACGGCCATCTGGTGTAGTGGTAAGTGACATGGTCACTACACAAGGGGGTCGCGGGTTCGAATCCCGCCAAGGGAAGATATTTGTATGATAAATACAAATATCTTTTCCAGCGTTATGGATGTATATTAAATATATGTATGTGTATAATAAAAATCTTACATTTATTTCCGTTATCTGGTACCGGTAACACAAGTTCTTTACGAACTTATCACGGGA 5 0 5' arm Bombyx_mori mirnest tRNA 2.0E-8 bmo-mir-2818-1 3.0E-22 -27.5 ....(((((.......)))))...((((((((((((((((.....))))))))))))))))..(((((...)))))........ (-27.5)