mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCAGTTAGTATGTAATATTGA AATATTACATACTAACTGAGG CGAATTCGGACATCAATTTGGCTGAATAATCGTTCCTCCTTCAATATTACATACTAACTGAGGAACGATTATTCAGTTAGTATGTAATATTGAACGGAGTTGTTATTTTTGCTGTTAATTCCATTCCATTAT CGAATTCGGACATCAATTTGGCTGAATAATCGTTCCTCCTTCAATATTACATACTAACTGAGGAACGATTATTCAGTTAGTATGTAATATTGAACGGAGTTGTTATTTTTGCTGTTAATTCCATTCCATTATAAAATTGTTTTTTCTTTTGCCAGAAACAGGTTGCTATATGTAATTATGTCTGTAATTAAGTTGTGTTTCTATCAATTGACAATATAGGTAAACATAGCTAGCTACATATTACTCAAACTATTAAAACATCGTCATCGTCAGCCTGTATCTCTCCACTGCTGGATGTAAACCTCTCCCATAGTCCGCCACAATGAACGATCCTCTACCTTTCGCATCCAATTTTTTCCAGCATATTGCCACAAGTCATCAGCCCACTTATTTAAACAAAACTTTTAAATTATTTTAAAATTCTTTTTGAAATTGGAATGAGTTATCTACTTCAATTTAGATGATTGGAATAGTAACAATAAAAAATATTATATGCTATTTAATTTTGTGTAAAAATACATGAATTGTTAAAATAAGTATAAGTATTACTTCCACACATATAATACTGTACATAAGAAACTAATTGTAGGTACATTGTCTAATGCTTAGATT 0 0 3' arm Bombyx_mori mirnest 100 100 -42.7 .((((..(((........((((.((((((.((...(((((((((((((((((((((((((((.........))))))))))))))))))))))).)))).))))))))..)))).....)))))))...... (-42.7)