mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCAAGTTGGCCTTGGCTATA CAGCCAAGGATGACTTGCCGG CCTAAGAAGAACTTGCACGAAGAGGCAGAGAGTGTAGTGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGCATTAGCCAAGTGAATGAGCATCATATATATATATATATATATATATGACTCATGTTCTTGTCGGCAAGTTGGCCTTGGCTATATTGGACTCTCTTCTTTTCATGTAAGTGCCACAATTA GGTTAGTTGCATGATTGAATGCAGAAAATGAGCAGCATATAACCACCTAAGAAGAACTTGCACGAAGAGGCAGAGAGTGTAGTGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGCATTAGCCAAGTGAATGAGCATCATATATATATATATATATATATATGACTCATGTTCTTGTCGGCAAGTTGGCCTTGGCTATATTGGACTCTCTTCTTTTCATGTAAGTGCCACAATTAGGCTCAGTCATTGAAGCAGGTAGCAATATTTCCCCTTAGCCAGTATACATATGAGATAAGTGCAATTCTATTGATAATTATTATCTGCTAAATAGCTAAAGTAGTTATAATGCTTATATTGAGTTTAAAAATGTTAACTGTCCCTTTCTTTTATTGTCATTTTCTTTGACCAATCGAAAATTGATTAAAAAGCTACAATATATATATGGTAAGAGCTGAAATTCAAAGTCCGAGTTAACTGCTGATAGAGGAGGAGGTCATATGCATAAAGTTATCAAGGTGTATTTATGTTTTTTGCTGATAGAAAAGCATATTTAAATGTGAATATTTCCGTACTAATGTGCAAA 2 0 3' arm Glycine_soja mirnest MIR169_2 0.00000000005 mtr-MIR169b 0.00000000004 -72 ..........(((((((.(((((((.(((((((.(((((.((((((((.(((((((((((((..(((.......(((((..((((((((((((....))))))))))))))))))))..))))))))))))).)))))))).))))).)))))))))))))).))))))).......... (-72)