mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCAACTGCATACAAATTCG AAATTTGTATGGAGTTGGAACG TTGGACATCCTTGTGCTTAGTGCTAGTCTCTTAACGTTCTCGATAGCGTTAAAGTTAACTCAAAATTTGTATGGAGTTGGAACGTTTGCGTACGTTTGCCGCTAGGGGCGCTGTTCCAACTGCATACAAATTCGAGTTAACTTTTACGATATCGAGAACTTTAAAAAACTCGCACTAAGCACACCTGTAATAA AATCGAATTCGAGACTTAGAACTTATATCTCAAGGTGGGTGGCGCATTTACGTTGTAGATGTCTATGGGCTCCAGTAACTACTTAACACCAGGTGGGCTCTGAGCTCGTCCACCCATCTAAGCAATAAAAAATAAAACTAAAGCAATAATTTTCCAATTTATTAAATTAAATCGTCAAATCGTGTGGCGTCTGACTAATGTATGAGAAGTCGGAACACTCGTCGCCTCGGTATTAACCTAACGAACACAAACCGAAGATTTCGTATTTTGATTGTGACATAATATTGAAAATACTGATTGGACATCCTTGTGCTTAGTGCTAGTCTCTTAACGTTCTCGATAGCGTTAAAGTTAACTCAAAATTTGTATGGAGTTGGAACGTTTGCGTACGTTTGCCGCTAGGGGCGCTGTTCCAACTGCATACAAATTCGAGTTAACTTTTACGATATCGAGAACTTTAAAAAACTCGCACTAAGCACACCTGTAATAATATCTCATGACATCATCGGCTAAGTTATATTGGAATAAAAAAAAACATTATATAACCTATCTAATACTGAGCAGCAAGCAAACTAAATGTAGCTAGATTTT 2 0 3' arm Bombyx_mori mirnest mir-2807 1e-39 bmo-mir-2807a-6 8e-28 -81.1 ..((....)).((((((((((((.(((...((((.((((((((((.(((.(((((((((((..((((((((((.(((((((((....((((................)))).))))))))).)))))))))).))))))))))).))).)))))))))).))))...))).)))))))))))).......... (-81.1)