mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCTAACTGCATACAAATTTC AATTGGTATTGAGTGGATCG GACAAAAAACAAACGAACCTGTGTACTTAGTGCGAGTTTTTTAACGTTGTCGCTAGCGTAAAAGTTAACTAAAATTGGTATTGAGTGGATCGTTTGCCTACGTTTGCCGCTAGAGGCGCTGTTCTAACTGCATACAAATTTCAGTTATCTTTTACGCTATCGAGAACGTTAAATAACTCGCACTAAGCACACAGTTCATCACACTCAAGTC CGAATTCGACAGTTTCACTTAGTGAAGTTAATAATCTGCTATTAGTTCGTTGGTACCAAATGAAGCTATTTAAAGTTTAAAATTTGACAGTTTCACTTAGTGAAGGTGAAAACCCAAGTATATGAAAAAATTTGGATTTTTTTTTGGGAAAAAGTCACGCATGGTCATCTGGCCCCAATTTAGTACTCCCTGTGTTACGGGTATCTGAGAGATAAACATATTTATTTACGTTTAAATATACACATATATAGATAATAAACACCCAGACAAAAAACAAACGAACCTGTGTACTTAGTGCGAGTTTTTTAACGTTGTCGCTAGCGTAAAAGTTAACTAAAATTGGTATTGAGTGGATCGTTTGCCTACGTTTGCCGCTAGAGGCGCTGTTCTAACTGCATACAAATTTCAGTTATCTTTTACGCTATCGAGAACGTTAAATAACTCGCACTAAGCACACAGTTCATCACACTCAAGTCCGTCAAATACCAATAAGAATGACAATAGAAAACGCAAAATTAAGCCGAATAGTAGTGGTAATTACGTCAAAGACTCGCCTTAATCGGAGACAATACTAAGTATGGTCACTTTTCATAAATATAATCTTTATCCACCAATGGTTACTTAGTGGTCGTTTATATTAAACAATTTCAAAGTACAAATC 5 1 3' arm Bombyx_mori mirnest mir-2807 4e-55 bmo-mir-2807d 8e-22 -79.6 ..............((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((.(((.(((((((((((.(((((.(((((.((((..((((((.((..(((((..((.....))...))))).)).))).)))..)))).))))).))))).))))))))))).))).))))))))).))))))))))))).))))))))).............. (-79.6)