mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGCGGGAAAAAAGTAGGACAT GTCATACTTTTCTCCCTTGGT AGTATGTGCACCGCGGGAAAAAAGTAGGACATCTCATCCCGCGTGTTTGCTAATTTTACACGCGGCAAGAAATGTCATACTTTTCTCCCTTGGTGCACAATG GGCACGAGGCGAAGCTTTAAATTATCTTTTTCTCCTACCTACGCCAAAAGTTCGGTTTTCCTCCCGCTGTACAGGGAAGAAAGTGTAACTTTTCCTCCCTGGGTTACTGACAAGTGCGCATGCGCGTTAGTGTCTACGTCTGCTCTCACGCACCTAAAATTCTCCGCCATTGTTGTGCTCGGGTAATTTGCAATATTGTGTTTAGTGTAAAAGTGAAATAAACAAAAGGCAATAAAATTTAATAGTGAAGTATTAAACAAAGATGAGTTCATCAGACAATTCTCATTCAATTAGTTATTTAAAAATAAAAAAAAACAGTTAAATTGTTTTTTAAGATTATGGGGGCTCCGGCCCCCCTACCACCGGCCAAGGCTTCGCCCCTGGACCCCGGCTCGGTACTCCACGAGCTTTCGGCCTGGTAGGAGAAAAAATAGTATGTGCACCGCGGGAAAAAAGTAGGACATCTCATCCCGCGTGTTTGCTAATTTTACACGCGGCAAGAAATGTCATACTTTTCTCCCTTGGTGCACAATGTACTATAGAGTTGTACGATCCTAGTCTTGTATGAAATAGTGTTTAGTGTAAGAGAATCATGT 3 0 5' arm Bombyx_mori mirnest 100 bmo-mir-2775b 1e-22 -48.8 ....(((((((((.((((.(((((((.(((((.((...((((((((...........))))))))...)).))))).))))))).)))).)))))))))... (-48.8)