mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACGTTGTGGATGTCTATGGGC CCATGGACATAACGATGCCATA CATTTACGTTGTGGATGTCTATGGGCTCCAGTAACCACTTAACACGAGGTGGGCTGTGAGCTCGACCACCCAACTAAGAAATAAAAAAAAATAAAAAAACAAAATATCAGCGAACGAGTTCAACGCCCACTGATCTGAGCCCATGGACATAACGATGCCATA CATTTACGTTGTGGATGTCTATGGGCTCCAGTAACCACTTAACACGAGGTGGGCTGTGAGCTCGACCACCCAACTAAGAAATAAAAAAAAATAAAAAAACAAAATATCAGCGAACGAGTTCAACGCCCACTGATCTGAGCCCATGGACATAACGATGCCATATCCGCCACTCACTTCGAATCGTAAGGTTGAAATCGGGTTGTATTTTTAAAGCTTTCTTCATTCTATCTCTGTCACGCGCGCGTCACGTCAACCAGGGCGCGAAAGAGACGGAAAGTCGAATTAGATTTGCTCACCTTGTTACACGCTTCGCATTTATATGGCGATTTACGTAAATGATAGAAGTTGTAATGCTGACGTCTGTAAACGTTTGAGGCGAACTTCTTGTCGCACTCCGGGCAGGGATACCTGGATTAGAACGAAGCCGCTCTCAGTAATCTATACTAATATATAAATCTACAGTGGTTTTTACGGATGTTCCGTTATACCTACTGAACCGTGCATCCGATTGACTTGAAACTTGGTATCCATGTAGAAAATACACGTACTTAATGGATAGGCTAATATTTATATGAGCGTTGGACTCCCTAATAATAATGATAAATAATAATGTTAATTTTAAATGCCCAGCGAAACGGGCGAGTACTGCTAGTACATTTATAAATAGATTTAAATCA 4 1 5' arm Bombyx_mori mirnest 100 bmo-mir-3273 4e-17 -47.149 ......((((((..((((((((((((((.((................(((((((..((((((((..................................................))))))))..)))))))...)))))))))))))))).))))))..... (-47.149)