mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACGTTGTGGATGTCTATGGGC TTGGGACGTCCATCTACGGTAAG GGGTAGCGCATTTACGTTGTGGATGTCTATGGGCTCCAGTATGGTATATCATCCATGTGGCCTTGTAATTTTCTCTACTAACTGCTGATGCCGCTTGGCTATCGCAGTATGCTTCTTTGATAGAATACACTATTCCACATTCTCCGATTAAGCCTTAAGTTGCTTGGGACGTCCATCTACGGTAAGAGGTAAGC CGAATCCGCCTATTTCTGCCGTGAATCAGTAATGCATTTCGGTTTGAAGGGTGGGGCAGCCGTTGTAATCATACTTGAGACCTTAGAACTTATATCTCAAGGTGGGTAGCGCATTTACGTTGTGGATGTCTATGGGCTCCAGTATGGTATATCATCCATGTGGCCTTGTAATTTTCTCTACTAACTGCTGATGCCGCTTGGCTATCGCAGTATGCTTCTTTGATAGAATACACTATTCCACATTCTCCGATTAAGCCTTAAGTTGCTTGGGACGTCCATCTACGGTAAGAGGTAAGCTGATGCTAAGATGGCATTAAAAATAACTGATACGACTATAAATATGCCATTGAAAAAGGGCTTTTATCCGAGTTAGGGGCCTAACTTTCTAAGAGGTGCTTGCGCCTACGGGTTTTGCGGGGAACTGGGACTTGGCGATCTGCAGACTTTGGGAGCGGACCTCGGGCCCAAGGTATTGAAAATATATGAGTGCCTATTCCTGCCGTGAAGCAGTAATGCGTTTCGGTTTGAAGTGTGGGCAGCCATTGTACTTAGCATTTCAAATTTAGAACTCATGTCTTACGGTGGGCTCTGGTGACCACTTAACACCAGTGGCTCGC 4 2 5' arm Bombyx_mori mirnest 100 bmo-mir-3351 0.0000000000007 -43.2 .......((.((..(((.((((((((((..((((.....((.(((..(((....((((((...((((.((((.((.....(((((.((((((....))).))))))))..........)).)))))))).....)))))).....)))...))).))....)))).))))))))))..)))..))...)).... (-43.2)