mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAATCTGACCGAAGACTACGA GTCGTTACGTGTTGTTTTTTT CGCGCTCGTGATCCGTCGCGTTGACGCGTTCCGCGTTTACGCGTTCGTACTCGTCGTTACGTGTTGTTTTTTTTAATTAAAATCTGACCGAAGACTACGATTACGAATCGCGTTTCGCTAGCTCGTCTCTCCGACGGATCTAAAAATGT GGACGGTGGATCACTTGGCTCGCGGGTCGATGAAGAACGCAGTTAACTGCGCGTCATAGTGTGAACTGCAGGACACATTTGAACATCGACATTTCGAACGCACATTGCGGTCCGTGGAGACACATCCAGGACCACTCCTGTCTGAGGGCCGGCTGCATAAAAAACATTAATCACATTGCGTGGCTCGTGCCGCGCTCGTGATCCGTCGCGTTGACGCGTTCCGCGTTTACGCGTTCGTACTCGTCGTTACGTGTTGTTTTTTTTAATTAAAATCTGACCGAAGACTACGATTACGAATCGCGTTTCGCTAGCTCGTCTCTCCGACGGATCTAAAAATGTTTTATTGTTATTTCAAAATTTTCATAATCACGTCGAACCTCTCTGGCGCGCGCGTTATGTTTAGCGTGCGCGTAGAGGTTCTCGTGTATATGAATTTTTGTCGTCTTGGTTTCGTTATTCTGTTGTTGACGTTGTATTAATCGTTATTTAATATCGACGACGACGACGGTGCGAACGAAAACGTTGTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTCGANGGGGGGCCCGGTACCCAATTCGCCCTATAGTGAGTCGTATTACAATTCACTGGCCGTCGTTTACAACGTCGTGACTGGGAAAAACCTGGGCGTTACCCAACTTAATCGCCTTGGAGCACATCCCCCTTTCNCCANCTGGNGTAATAACGAANAAGGCCCGCANCGATTGNCCTTTCCNAAANTTTNCNCCCCTGNAAATGGCCAATNGGCAAATNTAANNGGTTAANNTTTTGGTNAAAATTCCGCGTAAATTTTTGTAAAATCCGGCCCCATTTTTTAAACCAAATAGGGCCCAAATTTGGGAAAA 4 2 3' arm Bombyx_mori mirnest 100 bmo-mir-3379 2e-52 -48.3 .........(((((((((....((((.(((..(((...(((((((((((.((((.(((.((.((((..((((......))))..))))))..))).)))).)))))).)))))..))).))).))))....)))))))))......... (-48.3)