mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCAAGAAGTCGGCATAGCTG GCTGTGTCACTTCGAGCCAG CACCACAAGAAGTCGAGCCGGTGGCTGGGAAGGCAAGAAGTCGGCATAGCTGTTTGAATAAGATACACGGCTGTGTCACTTCGAGCCAGCTCAATCCGCCGGCTTTCTTCAATTTCA GATATTGTTCCGAGTTCTGCCCACCGAGCGCCGTACGCTCGTCTGCCAAACGTTAATTCACTATGTCAATATTGGAACTGCAGTAAGGTCTACCAGCGATTTCACCACAAGAAGTCGAGCCGGTGGCTGGGAAGGCAAGAAGTCGGCATAGCTGTTTGAATAAGATACACGGCTGTGTCACTTCGAGCCAGCTCAATCCGCCGGCTTTCTTCAATTTCAAGATTTGCGGATGCTCCCATATCGTGAAAATTCGGATCGCTCCCGCTCCCGCTGAGTTTTCGCCGGGAGAGGGCGCACCTGACAGCTGTCAAAGAAAACTTTCTTCGTAACCGGACGTGGGAGGATTTTTATTTTTAATCACACACGACGATGTTTCCGTAGAGTGTGATCGGCTGTGTACGTGCGGGACGAAAACGATACGAAAACACGACAAAATGCCGACCGAGGAGGTGTTGGGTCCGCGGAAGACAATGCTCATACTAGTGATTGTTGTGGGATGTTTCGCTATGTTGTGGCCCAGGATCCTGTCTCCGCTGATCTTGGGCCACACACGGGAGCAGCTGAAGCCGAACGAGTTCGACCGGGAGGC 2 1 5' arm Bombyx_mori mirnest mir-31 1e-38 bmo-mir-31 2e-55 -50.3 ........((((..((((((((((.((((..(((..(((((.(((((((((((.((.......)).))))))))))))))))..)))..))))..)))))))))).))))....... (-50.3)